Ο Πατριάρχης Βαρθολομαίος εφαρμόζει και στα Σκόπια το ουκρανικό μοντέλο. Ενώ υπάρχει κανονικός Αρχιεπίσκοπος Αχρίδος ο κ. Ιωάννης, ο οποίος είναι ο μόνος ο οποίος αναγνωρίζεται Πανορθοδόξως, ο Πατριάρχης θέλει να τον καταργήσει και να επιβάλει τον σχισματικό Στέφανο.
Ο Αρχιεπίσκοπος Αχρίδος πληρώνει και αυτός την “εμμονή” του με την κανονικότητα στην Ορθοδοξία. Μετά τον τριετή εγκλεισμό του στη φυλακή και την αποφυλάκιση του, έγινε δεκτός τόσο από τον Πατριάρχη Βαρθολομαίο, όσο και από τον Αρχιεπίσκοπο Ιερώνυμο.
Υποστήριξε την διδακτορική του διατριβή στη Θεολογική Σχολή του Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης και ανακηρύχθηκε επίτιμος Διδάκτωρ της Θεολογικής Αθηνών.
Ο ελληνομαθέστατος Αρχιεπίσκοπος Ιωάννης υποστήριξε με ομιλίες και διαλέξεις τόσο την Ελληνικότητα της Μακεδονίας όσο και την μη Ιεροκανονική αντιμετώπιση από το Φανάρι του ουκρανικού σχίσματος.
Αυτές του οι τοποθετήσεις τον έκαναν μισητό στο Πατριαρχείο, με συνέπεια την απόφαση εξουδετέρωσης και κατάργησής του, ως κανονικού αρχιεπισκόπου Αχρίδος,
Κατά το διήμερο 29 και 30 Σεπτεμβρίου 2018, στη Νιζέπολη (Μπίτολα) πραγματοποιήθηκαν εορτασμοί για τη συμπλήρωση 1000 χρόνων της Αρχιεπισκοπής Αχρίδος. Ο Αρχιεπίσκοπος Αχρίδος και Μητροπολίτης Σκοπίων Ιωάννης, στην επετειακή ομιλία του, μεταξύ άλλων, αναφέρθηκε, εμμέσως πλην σαφώς, στο πώς αντιλαμβάνεται την επιχειρούμενη από το Φανάρι θεραπεία του εκκλησιαστικού σχίσματος στην Ουκρανία.
Γνωστό ιστολόγιο δημοσίευσε χαρακτηριστικά αποσπάσματα της ομιλίας του αρχιεπισκόπου Ιωάννη:
«… Ο εθνοφυλετισμός έχει κάνει και εξακολουθεί να δημιουργεί μεγάλες αναταράξεις στην Εκκλησία. Καταδικάστηκε στη Σύνοδο της Κωνσταντινούπολης το 1872, αλλά, δυστυχώς, από τον 19ο αιώνα μέχρι σήμερα δεν εξαφανίστηκε από την Εκκλησία. Είναι ανεκτός για έναν αιώνα και μισό, αλλά τα τελευταία χρόνια κάποιοι στην Εκκλησία, για τους δικούς τους γνωστούς λόγους σαν να το ξεχνάνε αυτό. Είναι απαράδεκτο, ακόμη και υποκριτικό, Εκκλησίες, που εδώ και χρόνια είναι σε σχίσμα, χωρίς μετάνοια να γίνονται δεκτές ακόμα και να ανταμείβονται, μόνο και μόνο για την επιμονή τους στο σχίσμα.
… Εμείς, οι οποίοι γιορτάζουμε αυτό το μεγάλο ιωβηλαίο, πράγματι σε περιορισμένες συνθήκες στις οποίες μας οδήγησαν οι αρχές αυτής της χώρας και στους οποίους αντισταθήκαμε στην αλυτρωτική τους πολιτική την οποία για πολλά χρόνια διατήρησαν προς την γειτονική Ελλάδα, έχουμε κάθε δικαίωμα να μιλούμε για αυτό που είναι καλά γνωστό σε όλες τις τοπικές Εκκλησίες. Δεν υπάρχει τίποτα πιο σημαντικό από την ενότητα της Εκκλησίας, στη πίστη, στα δόγματα, και στην κανονική τάξη.
Το σχίσμα είναι πρόβλημα ολόκληρης της Εκκλησίας, δεν είναι μόνο πρόβλημα για εκείνους που έχουν χωριστεί, είναι επίσης ένα πρόβλημα για εκείνους από τους οποίους έχουν χωριστεί. Ως εκ τούτου, είναι κατανοητή η φροντίδα της πρωτόθρονης Εκκλησίας για την θεραπεία όλων των σχισμάτων που υπάρχουν στην Ορθοδοξία, αλλά κανείς δεν μπορεί να δικαιολογεί τη θεραπεία ενός σχίσματος με δημιουργία ενός άλλου σχίσματος.
Επομένως, πρέπει να συγκληθεί μια νέα Αγία και Μεγάλη Σύνοδος για να διορθωθούν οι ατέλειες της προηγούμενης».
