Η άλωση της Τραπεζούντας το 1461 από τους Οθωμανές δεν τους αλλοίωσε το φρόνημα και την ελληνική τους συνείδηση, παρότι ζούσαν αποκομμένοι από τον εθνικό κορμό. Μπορεί να αποτελούσαν μειονότητα -το 40% του πληθυσμού, αλλά γρήγορα κυριάρχησαν στην οικονομική ζωή της περιοχής, ζώντας κυρίως στα αστικά κέντρα.
Η οικονομική τους ανάκαμψη συνδυάστηκε με τη δημογραφική και την πνευματική τους άνοδο. Το 1865 οι Έλληνες του Πόντου ανέρχονταν σε 265.000 ψυχές, το 1880 σε 330.000 και στις αρχές του 20ου αιώνα άγγιζαν τις 700.000. Το 1860 υπήρχαν 100 σχολεία στον Πόντο, ενώ το 1919 υπολογίζονται σε 1401, ανάμεσά τους και το περίφημο Φροντιστήριο της Τραπεζούντας. Εκτός από σχολεία διέθεταν τυπογραφεία, περιοδικά, εφημερίδες, λέσχες και θέατρα, που τόνιζαν το υψηλό τους πνευματικό επίπεδο.
Το 1908 ήταν μια χρονιά – ορόσημο για τους λαούς της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας. Τη χρονιά αυτή εκδηλώθηκε και επικράτησε το κίνημα των Νεότουρκων, που έθεσε στον περιθώριο τον Σουλτάνο. Πολλές ήταν οι ελπίδες που επενδύθηκαν στους νεαρούς στρατιωτικούς για μεταρρυθμίσεις στο εσωτερικό της θνήσκουσας Αυτοκρατορίας.
Σύντομα, όμως, οι ελπίδες τους διαψεύστηκαν. Οι Νεότουρκοι έδειξαν το σκληρό εθνικιστικό τους πρόσωπο, εκπονώντας ένα σχέδιο διωγμού των χριστιανικών πληθυσμών και εκτουρκισμού της περιοχής, επωφελούμενοι της εμπλοκής των ευρωπαϊκών κρατών στο Α’ Παγκόσμιο Πόλεμο. Το ελληνικό κράτος, απασχολημένο με το «Κρητικό Ζήτημα», δεν είχε τη διάθεση να ανοίξει ένα ακόμη μέτωπο με την Τουρκία.
Οι Τούρκοι με πρόσχημα την «ασφάλεια του κράτους» εκτοπίζουν ένα μεγάλο μέρος του ελληνικού πληθυσμού στην αφιλόξενη μικρασιατική ενδοχώρα, μέσω των λεγόμενων «ταγμάτων εργασίας» («Αμελέ Ταμπουρού»). Στα «Τάγματα Εργασίας» αναγκάζονταν να υπηρετούν οι άνδρες που δεν κατατάσσονταν στο στρατό. Δούλευαν σε λατομεία, ορυχεία και στη διάνοιξη δρόμων, κάτω από εξοντωτικές συνθήκες. Οι περισσότεροι πέθαιναν από πείνα, κακουχίες και αρρώστιες.
Αντιδρώντας στην καταπίεση των Τούρκων, τις δολοφονίες, τις εξορίες και τις πυρπολήσεις των χωριών τους, οι Ελληνοπόντιοι, όπως και οι Αρμένιοι, ανέβηκαν αντάρτες στα βουνά για να περισώσουν ό,τι ήταν δυνατόν. Μετά τη Γενοκτονία των Αρμενίων το 1916, οι τούρκοι εθνικιστές υπό τον Μουσταφά Κεμάλ είχαν πλέον όλο το πεδίο ανοιχτό μπροστά τους για να εξολοθρεύσουν τους Ελληνοπόντιους. Ό,τι δεν κατάφερε ο Σουλτάνος σε 5 αιώνες το πέτυχε ο Κεμάλ σε 5 χρόνια!
Το 1919 οι Έλληνες μαζί με τους Αρμένιους και την πρόσκαιρη υποστήριξη της κυβέρνησης Βενιζέλου προσπάθησαν να δημιουργήσουν ένα αυτόνομο ελληνοαρμενικό κράτος. Το σχέδιο αυτό ματαιώθηκε από τους Τούρκους, οι οποίοι εκμεταλλεύθηκαν το γεγονός για να προχωρήσουν στην «τελική λύση».
Στις 19 Μαΐου 1919 ο Μουσταφά Κεμάλ αποβιβάζεται στη Σαμψούντα για να ξεκινήσει τη δεύτερη και πιο άγρια φάση της Ποντιακής Γενοκτονίας, υπό την καθοδήγηση των γερμανών και σοβιετικών συμβούλων του. Μέχρι τη Μικρασιατική Καταστροφή το 1922 οι Ελληνοπόντιοι που έχασαν τη ζωή τους ξεπέρασαν τους 200.000, ενώ κάποιοι ιστορικοί ανεβάζουν τον αριθμό τους στις 350.000.
Όσοι γλίτωσαν από το τουρκικό σπαθί κατέφυγαν ως πρόσφυγες στη Νότια Ρωσία, ενώ γύρω στις 400.000 ήλθαν στην Ελλάδα. Με τις γνώσεις και το έργο τους συνεισέφεραν τα μέγιστα στην ανόρθωση του καθημαγμένου εκείνη την εποχή ελληνικού κράτους και άλλαξαν τις πληθυσμιακές ισορροπίες στη Βόρειο Ελλάδα.
Με αρκετή, ομολογουμένως, καθυστέρηση, η Βουλή των Ελλήνων ψήφισε ομόφωνα στις 24 Φεβρουαρίου 1994 την ανακήρυξη της 19ης Μαΐου ως Ημέρα Μνήμης για τη Γενοκτονία του Ποντιακού Ελληνισμού.
